Krysy a myši, které v původním Tajemství N.I.M.H. získaly intelektuální převahu, se vracejí do Trnitého údolí, aby připravily svého osudového vůdce - mladého Timmyho Brisbyho.
V New Orleansu žije dospívající chlapec Mark Fremont, jeho sestra Callie a jejich malý bratr Zak, o kterého se Callie stará pokaždé, když rodiče nejsou doma. Ve stejný den, kdy Marka sleduje domů tajemný starý prodavač hromosvodů, ozve se ze Zakovy dětské vysílačky volání o...