Organizace spojených národů zřizuje v roce 1992 tzv. Centrum Obrany (UNGCC), které má za úkol zastavit Gojiru jednou provždy. Podaří se jim vytáhnout z moře pozůstatky Mecha-Kinga Ghidoraha a vytvoří z něj dva nové stroje. Tím prvním je létající bojový člun Garuda, druhým...
Po poslední bitvě zůstala Mekagojira (Kiryu) mimo provoz. Gojira skončila sice na dně moře, ale zlikvidovat se ji nepovedlo. Vědec Yoshito Chujo dostane za úkol Kiryu co nejrychleji opravit, ale její nejděsivější zbraň „Absolute Zero“ je nenávratně zničena. Aby toho nebylo...
Při armádním experimentu se stane chyba a výzkumná jednotka se ocitne v roce 1549. Když se na omyl přijde, jsou vysláni specialisté, jež mají pouze 74 hodin na to, aby zachránili život kolegů a zároveň celé Japonsko před zmizením z časoprostoru...
